精灵交换是游戏核心玩法之一，需通过GBA联机功能实现。玩家需准备两台GBA设备及专用连接线，双方进入任意宝可梦中心的二楼，与右侧服务员对话选择精灵交换功能。交换过程中需确保两台设备处于联机状态，且双方各自选择需要交换的精灵，系统会显示精灵属性、技能等详细信息供确认。交换完成后精灵所有权将永久转移，部分依赖交换进化的精灵（如勇吉拉）会立即触发进化。联机中断可能导致数据丢失，建议交换前存档。
游戏内存在特定NPC提供固定精灵交换，例如彩虹市水系道馆城市PC屋左上角的老公公可用迷唇姐交换蚊香蛙，25号路隧道入口的小女孩支持尼多兰与尼多郎互换。这类交换无需联机，但条件固定且不可逆。部分NPC交换涉及版本限定精灵，如火红版可在11号路关卡2楼用凯西交换吸盘魔偶，叶绿版则需前往18号路关卡2楼完成同类交换。红莲岛研究所会客室提供小火马换海狮的固定交换选项，这些NPC位置分散且无提示，需玩家主动探索。
每日交换次数受系统限制，稀有精灵交换可能消耗特殊道具。交换后精灵的等级、技能及个体值会保留，但训练家ID会变更为接收方信息，影响经验值获取速率。通过交换获得的精灵若携带道具，道具会随精灵转移。游戏初期无法使用交换功能，需先获得宝可梦图鉴并解锁联机权限，部分剧情关键精灵禁止交换。
需使用任天堂官方GBA无线适配器或兼容的有线连接器，第三方设备可能存在兼容性问题。模拟器玩家可通过局域网联机插件实现交换功能，但需同步取消Pause when inactive window选项以避免中断。交换过程中建议关闭其他无线干扰源，保持设备电量充足。若联机失败，可尝试重启设备或重新插拔连接线。
从策略角度考量，精灵交换能有效扩充图鉴完成度，尤其是版本限定精灵的获取。通过交换获得的异ID精灵可加速升级，且能突破部分精灵的等级瓶颈。建议优先交换具有高个体值或稀有技能的精灵，并利用固定NPC交换填补图鉴空缺。联机交换前应充分沟通确认双方需求，避免误操作。完成全国图鉴后，可解锁特殊剧情和奖励，这是单机游戏无法实现的体验。
